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民國五十八年，本校為充實院系，加強科學教育，經第二十七次校務會議及第三六一次行政會議決議將文學院改為文理學院，增設數學系，並於五十九年經教育部台 (59) 高字第八四六三號令核淮，正式成立數學系，自五十九學年度開始招生，首屆共計招收三十一人，此為本校發展史上一重要之里程碑。首任系主任為當時國內數學方面資深且著名之專家鄧靜華先生。當時本系之發展目標一方面鼓勵學生於純數學之研究外，更進一步向應用數學方面努力，並儘量與本校法、商學院各有關科系配合，希冀於作業研究、電腦科學、精算工作及數理經濟上培育人材。而後由於電子計算機的迅速發展，以及工商界對應用數學人才的需求甚殷，為配合時代潮流，本系於民國六十三年，正式改名為應用數學系，師資陣容日益充實，課程亦不斷更新。為提高教學之品質與研究水準，於民國七十六年成立碩士班、民國八十八年成立博士班。
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